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DESCRIPCIÓN GENERAL
Una parte fundamental de los estudios metagenómicos microbianos es el tener acceso a una correcta base de datos que contenga las secuencias que identifican los taxones bacterianos, para poder comparar.
Bases de datos muy extensas, muy generales, van a dar unos resultados más inexactos debido a diferentes razones, tales como:
1) Anotaciones incorrectas.
2) Sesgos en la cantidad de bacterias dentro de la base.
3) Entradas duplicadas.
4) Entradas antiguas.
5) Entradas incompletas.
6) Datos muy generales, poco específicos de un tema o rama.
El numero de entradas no es sinónimo de calidad o robustez, si esto no se acompaña de datos de calidad. Grandes bases de datos, como SILVA o GreenGenes, tienen tasas de error cercanas al 20% (Edgar R. 2018. Taxonomy annotation and guide tree errors in 16S rRNA databases. PeerJ 6:e5030 https://doi.org/10.7717/peerj.5030)
En este sentido, el mejor enfoque pasaría por usar una base de datos concreta, derreplicada y curada para el estudio que se requiera realizar. Las características que debe tener una correcta base de datos serian:
1) Anotaciones lo más completas posibles (hasta nivel de especie, incluso subespecie o cepa).
2) Secuencias derreplicadas.
3) No sesgada.
4) Anotaciones corregidas y revisadas.
5) Secuencias actualizadas.
6) Concreta para el ámbito de estudio, revisada por expertos en el tema.
Con estas líneas, presentamos la base de datos de Helix BioS del microbioma intestinal humano para estudios de metagenómica basados en el rRNA 16S. Estas secuencias han sido buscadas y curadas por nuestro equipo de profesionales, en las principales bases de datos, como Refseq, SILVA, etc. Cada secuencia ha sido analizada y corregida, eliminando duplicadas, secuencias con errores, revisando la taxonomía y actualizándola.
Se han buscado las especies bacterianas asociadas al microbioma intestinal, agrupadas en diferentes grupos funcionales, bajo la guía y supervisión de profesionales en microbiología intestinal.
De este modo, esta base de datos se ofrece como una base de datos curada, concreta para el estudio de heces o/y microbioma intestinal humano y con datos de calidad, que permite que los estudios taxonómicos, en los cuales sea usada, den resultados robustos y seguros.
COMPOSICIÓN Y ESTRUCTURA
Actualmente esta base de datos consta de 39.275 entradas, que corresponden a 17.671 especies diferentes, divididas en los siguientes grupos funcionales:
1) Microbiota Inmunomoduladora (2.875 especies): entre las que se incluyen especies de Enterococos, Estafilococos, Blautia y Eschirichia coli.
2) Microbiota protectora (8.081 especies): entre las que se encuentran especies de Lactobacilos, Eubacterias, Bifidobacterias, Bacteroides, Estreptococos.
3) Microbiota muconutritiva (23 especies): entre las que se encuentran los géneros Roseburia, Eubacteria y Ruminococos.
4) Microbiota consumidora de moco (77 especies): entre las que se encuentran especies de los generos Bifidobacterias, Ruminococos, Bacteroides.
5) Microbiota productora de butírico (48 especies): entre los géneros de este grupo se estudian Clostridios, Eubacterias, Anaerobutiricum, Butiricocos.
6) Microbiota portadora de toxina de zonula occludens y toxina ace (12 especies): grupo formado por bacterias de la familia Vibrionaceae.
7) Microbiota proteolítica (2.453 especies): en este grupo se encuentran especies de Fusobacterias, Clostridios, Pseudomonas, Enterobacterias, Eubacterias, Enterococos.
8) Microbiota portadora de lipopolisacáridos e inflamativa (2.039 especies): entre las que se incluyen especies de los géneros Fusobacterias, Bacteroides, Bacteroidetes.
9) Microbiota neuromoduladora (187 especies): incluyendo Bacteroides, Lactobacillus, Parabacterides, Lactococos.
10) Microbiota productora de Metano (42 especies): incluyendo los principales generos de archaeas.
11) Microbiota productora de histaminas y aminas biogenas (1.172 especies): que incluye, entre otros, los generos Proteus, Pseudomonas, Lactococos, Lactobacilos.
12) Microbiota productora de sulfuro de hidrogeno (290 especies): que incluye Fusobacterias, Campilobacterias, entre otros.
13) Microbiota reguladora del metabolismo cardiovascular, obesidad y homeostasis energetica (174 especies): incluyendo Prevotelas, Bacteroides y Ruminococos.
14) Microbiota patógena oportunista (29 especies): entre las que se incluyen aquellas Fusobacterias patógenas, Salmonella, Clostridium difficile, Klebsiella.
15) Otra microbiota proteolítica (169 especies): con Clostridios, Citrobacterias, etc.
Varias especies tienen más de una entrada en la base de datos debido a la compleción de esta a nivel de cepa, subespecie, variantes génicas, etc.
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4U ABOGADOS TORRALBA Y FEDRA S.L.P.
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DESCRIPCIÓN GENERAL
Una parte fundamental de los estudios metagenómicos microbianos es el tener acceso a una correcta base de datos que contenga las secuencias que identifican los taxones bacterianos, para poder comparar.
Bases de datos muy extensas, muy generales, van a dar unos resultados más inexactos debido a diferentes razones, tales como:
1) Anotaciones incorrectas.
2) Sesgos en la cantidad de bacterias dentro de la base.
3) Entradas duplicadas.
4) Entradas antiguas.
5) Entradas incompletas.
6) Datos muy generales, poco específicos de un tema o rama.
El numero de entradas no es sinónimo de calidad o robustez, si esto no se acompaña de datos de calidad. Grandes bases de datos, como SILVA o GreenGenes, tienen tasas de error cercanas al 20% (Edgar R. 2018. Taxonomy annotation and guide tree errors in 16S rRNA databases. PeerJ 6:e5030 https://doi.org/10.7717/peerj.5030)
En este sentido, el mejor enfoque pasaría por usar una base de datos concreta, derreplicada y curada para el estudio que se requiera realizar. Las características que debe tener una correcta base de datos serian:
1) Anotaciones lo más completas posibles (hasta nivel de especie, incluso subespecie o cepa).
2) Secuencias derreplicadas.
3) No sesgada.
4) Anotaciones corregidas y revisadas.
5) Secuencias actualizadas.
6) Concreta para el ámbito de estudio, revisada por expertos en el tema.
Con estas líneas, presentamos la base de datos de Helix BioS del microbioma intestinal humano para estudios de metagenómica basados en el rRNA 16S. Estas secuencias han sido buscadas y curadas por nuestro equipo de profesionales, en las principales bases de datos, como Refseq, SILVA, LPSN, etc. Cada secuencia ha sido analizada y corregida, eliminando duplicadas, secuencias con errores, revisando la taxonomía y actualizándola.
Se han buscado las especies bacterianas asociadas al microbioma intestinal, agrupadas en diferentes grupos funcionales, bajo la guía y supervisión de profesionales en microbiología intestinal.
Esta nueva versión, desarrollada en el 2022, presenta una reestructuración completa de la anterior, con un grado mas elevado de curación, actualización y concreción, lo que permite la obtención de resultados de gran calidad en los estudios de Metabarcoding asociados a microbioma intestinal humano.
COMPOSICIÓN Y ESTRUCTURA
Se presentan dos bases de datos, ambas contienen la misma información taxonómica del rRNA 16S pero el formato está adaptado para ser usado con diferentes algoritmos:
• Especifica: esta base de datos es la que recomendamos usar para alineadores tipo BLAST, CD-HIT, etc.
• Sintax: esta base de datos esta formateada para usarla con algoritmos predictivos como Sintax (usearch), Vsearch, etc.
Actualmente constan de 5750 entradas, divididas en los siguientes grupos funcionales:
1) Microbiota Inmunomoduladora: entre las que se incluyen especies de Enterococos, Estafilococos, Blautia y Eschirichia coli.
2) Microbiota protectora: entre las que se encuentran especies de Lactobacilos, Eubacterias, Bifidobacterias, Bacteroides, Estreptococos.
3) Microbiota muconutritiva: entre las que se encuentran los géneros Roseburia, Eubacteria y Ruminococos.
4) Microbiota consumidora de moco: entre las que se encuentran especies de los géneros Bifidobacterias, Ruminococos, Bacteroides.
5) Microbiota productora de butírico: entre los géneros de este grupo se estudian Clostridios, Eubacterias, Anaerobutiricum, Butiricocos.
6) Microbiota portadora de toxina de zonula occludens y toxina ace: grupo formado por bacterias de la familia Vibrionaceae.
7) Microbiota proteolítica: en este grupo se encuentran especies de Fusobacterias, Clostridios, Pseudomonas, Enterobacterias, Eubacterias, Enterococos.
8) Microbiota portadora de lipopolisacáridos e inflamativa: entre las que se incluyen especies de los géneros Fusobacterias, Bacteroides, Bacteroidetes.
9) Microbiota neuromoduladora: incluyendo Bacteroides, Lactobacillus, Parabacterides, Lactococos.
10) Microbiota productora de Metano: incluyendo los principales géneros de archaeas.
11) Microbiota productora de histaminas y aminas biogenas: que incluye, entre otros, los generos Proteus, Pseudomonas, Lactococos, Lactobacilos.
12) Microbiota productora de sulfuro de hidrogeno: que incluye Fusobacterias, Campilobacterias, entre otros.
13) Microbiota reguladora del metabolismo cardiovascular, obesidad y homeostasis energetica: incluyendo Prevotelas, Bacteroides y Ruminococos.
14) Microbiota patógena oportunista: entre las que se incluyen aquellas Fusobacterias patógenas, Salmonella, Clostridium difficile, Klebsiella.
15) Otra microbiota proteolítica: con Clostridios, Citrobacterias, etc.
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Title BASE DE DATOS DEL MICROBIOMA INTESTINAL HUMANO PARA ESTUDIOS DE METAGENÓMICA BASADOS EN EL rRNA 16S
DESCRIPCIÓN GENERAL
Una parte fundamental de los estudios metagenómicos microbianos es el tener acceso a una correcta base de datos que contenga las secuencias que identifican los taxones bacterianos, para poder comparar.
Bases de datos muy extensas, muy generales, van a dar unos resultados más inexactos debido a diferentes razones, tales como:
1) Anotaciones incorrectas.
2) Sesgos en la cantidad de bacterias dentro de la base.
3) Entradas duplicadas.
4) Entradas antiguas.
5) Entradas incompletas.
6) Datos muy generales, poco específicos de un tema o rama.
El numero de entradas no es sinónimo de calidad o robustez, si esto no se acompaña de datos de calidad. Grandes bases de datos, como SILVA o GreenGenes, tienen tasas de error cercanas al 20% (Edgar R. 2018. Taxonomy annotation and guide tree errors in 16S rRNA databases. PeerJ 6:e5030 https://doi.org/10.7717/peerj.5030)
En este sentido, el mejor enfoque pasaría por usar una base de datos concreta, derreplicada y curada para el estudio que se requiera realizar. Las características que debe tener una correcta base de datos serian:
1) Anotaciones lo más completas posibles (hasta nivel de especie, incluso subespecie o cepa).
2) Secuencias derreplicadas.
3) No sesgada.
4) Anotaciones corregidas y revisadas.
5) Secuencias actualizadas.
6) Concreta para el ámbito de estudio, revisada por expertos en el tema.
Con estas líneas, presentamos la base de datos de Helix BioS del microbioma intestinal humano para estudios de metagenómica basados en el rRNA 16S. Estas secuencias han sido buscadas y curadas por nuestro equipo de profesionales, en las principales bases de datos, como Refseq, SILVA, etc. Cada secuencia ha sido analizada y corregida, eliminando duplicadas, secuencias con errores, revisando la taxonomía y actualizándola.
Se han buscado las especies bacterianas asociadas al microbioma intestinal, agrupadas en diferentes grupos funcionales, bajo la guía y supervisión de profesionales en microbiología intestinal.
De este modo, esta base de datos se ofrece como una base de datos curada, concreta para el estudio de heces o/y microbioma intestinal humano y con datos de calidad, que permite que los estudios taxonómicos, en los cuales sea usada, den resultados robustos y seguros.
COMPOSICIÓN Y ESTRUCTURA
Actualmente esta base de datos consta de 39.275 entradas, que corresponden a 17.671 especies diferentes, divididas en los siguientes grupos funcionales:
1) Microbiota Inmunomoduladora (2.875 especies): entre las que se incluyen especies de Enterococos, Estafilococos, Blautia y Eschirichia coli.
2) Microbiota protectora (8.081 especies): entre las que se encuentran especies de Lactobacilos, Eubacterias, Bifidobacterias, Bacteroides, Estreptococos.
3) Microbiota muconutritiva (23 especies): entre las que se encuentran los géneros Roseburia, Eubacteria y Ruminococos.
4) Microbiota consumidora de moco (77 especies): entre las que se encuentran especies de los generos Bifidobacterias, Ruminococos, Bacteroides.
5) Microbiota productora de butírico (48 especies): entre los géneros de este grupo se estudian Clostridios, Eubacterias, Anaerobutiricum, Butiricocos.
6) Microbiota portadora de toxina de zonula occludens y toxina ace (12 especies): grupo formado por bacterias de la familia Vibrionaceae.
7) Microbiota proteolítica (2.453 especies): en este grupo se encuentran especies de Fusobacterias, Clostridios, Pseudomonas, Enterobacterias, Eubacterias, Enterococos.
8) Microbiota portadora de lipopolisacáridos e inflamativa (2.039 especies): entre las que se incluyen especies de los géneros Fusobacterias, Bacteroides, Bacteroidetes.
9) Microbiota neuromoduladora (187 especies): incluyendo Bacteroides, Lactobacillus, Parabacterides, Lactococos.
10) Microbiota productora de Metano (42 especies): incluyendo los principales generos de archaeas.
11) Microbiota productora de histaminas y aminas biogenas (1.172 especies): que incluye, entre otros, los generos Proteus, Pseudomonas, Lactococos, Lactobacilos.
12) Microbiota productora de sulfuro de hidrogeno (290 especies): que incluye Fusobacterias, Campilobacterias, entre otros.
13) Microbiota reguladora del metabolismo cardiovascular, obesidad y homeostasis energetica (174 especies): incluyendo Prevotelas, Bacteroides y Ruminococos.
14) Microbiota patógena oportunista (29 especies): entre las que se incluyen aquellas Fusobacterias patógenas, Salmonella, Clostridium difficile, Klebsiella.
15) Otra microbiota proteolítica (169 especies): con Clostridios, Citrobacterias, etc.
Varias especies tienen más de una entrada en la base de datos debido a la compleción de esta a nivel de cepa, subespecie, variantes génicas, etc.
Work type Software and Database designs
Tags microbioma intestinal, base de datos, metagenómica
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Registry info in Safe Creative
Identifier 2104097459043
Entry date Apr 9, 2021, 10:59 AM UTC
License All rights reserved
Copyright info provided by 4U ABOGADOS TORRALBA Y FEDRA S.L.P.,
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Copyright registered declarations
Author 100.00 %. Holder HELIX BIOINFORMATICS SOLUTIONS, S.L.. Date Apr 9, 2021.
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New version: 2212242960662 - Base de datos del microbioma intestinal humano para estudios de metagenómica basados en el rRNA 16S: HUMAN GUT 16 – Versión 2.0
Information available at https://www.safecreative.org/work/2104097459043-base-de-datos-del-microbioma-intestinal-humano-para-estudios-de-metagenomica-basados-en-el-rrna-16s
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Registration: 2104097459043
